Berawal dari Markas Perjuangan di Masa Perang Diponegoro
Di balik kemegahan Pesantren Tambakberas saat ini, sejarahnya bermula hampir dua abad silam. Salah seorang dzurriyah KH Abdul Wahab Hasbullah, KH Muhammad Wafiyul Ahdi atau Gus Wafi, mengisahkan bahwa pesantren tersebut didirikan pada 1825, bertepatan dengan pecahnya Perang Diponegoro melawan kolonial Belanda.
Pendiri pesantren adalah KH Abdussalam, ulama asal Tuban yang juga dikenal sebagai komandan pleton pasukan Pangeran Diponegoro untuk wilayah Madiun hingga Jawa Timur bagian timur.
Menurut Gus Wafi, kawasan yang kini dikenal sebagai Tambakberas saat itu dijadikan tempat persembunyian sekaligus padepokan bagi pasukan perjuangan.
Usai perang berakhir pada 1830, KH Abdussalam memilih menetap di Jombang dan mendirikan sebuah padepokan yang kemudian berkembang menjadi Pondok Pesantren Bahrul Ulum.
Pada masa awal berdiri, pesantren tersebut hanya memiliki tiga kamar dengan sekitar 25 santri. Karena jumlah santrinya mencapai dua puluh lima orang, masyarakat kemudian mengenalnya dengan sebutan Pesantren Selawe, yang dalam bahasa Jawa berarti dua puluh lima.
